Sekelompok orang terpilih dari institusi anggota Ikatan Senat Mahasiswa Kesehatan Masyarakat di seluruh Indonesia. Pengurus nasional memiliki tanggung jawab dalam mengkoordinasikan seluruh penyelenggaraan organisasi dan program kerjanya di tingkat nasional.
Pengurus Nasional ISMKMI:
- Dewan Pengawas Nasional
- Sekertaris Jenderal
- Wakil Sekretaris Jenderal
- Biro Administrasi
- Biro Keuangan
- Direktorat Pengembangan
- Sumber Daya Manusia
- Direktorat Keilmuan dan
- Keprofesian
- Direktorat Advokasi
- Direktorat Pengabdian Masyarakat
- Direktorat Jaringan Komunikasi
- Direktorat Humas dan Kemitraan
- Direktorat Ekonomi Kreatif
- Direktorat Penelitian dan Pengembangan
- Badan Khusus Pemerhati Remaja dan Anak
- Badan Khusus Tobacco Control Nasional
- Badan Khusus Pemerhati Lingkungan Hidup
- Badan Khusus Siaga Bencana