Badan Khusus Pemerhati Remaja dan Anak
Merupakan badan khusus yang berfokus pada pembinaan dan edukasi seputar kemitraan remaja dan anak dalam upaya promotif dan preventif untuk meningkatkan kepeduliaan terhadap berbagai perilaku tidak sehat yang akan mengancam remaja dan anak. Badan khusus ini juga berperan dalam penyelesaian seputar isu remaja dan anak yang ada di Indonesia serta mengembangkan berbagai potensi remaja dan anak ke arah yang lebih positif.
Badan Khusus Tobacco Control Nasional
Merupakan badan khusus yang bertanggungjawab dan berperan pada kegiatan terkait sosialisasi, advokasi, dan gerakan masyarakat sehat terhadap pengendalian tembakau di Indonesia. BKTCN berfokus pada permasalahan penggunaan dan pemanfaatan tembakau, terutama terutama terhadap permasalahan rokok dengan melakukan usaha pengawasan dan pengendalian terhadap dunia rokok. Badan khusus ini juga dapat berkolaborasi dengan pihak internal dan eksternal ISMKMI dalam menghadapi dampak dari rokok
Badan Khusus Siaga Bencana
Merupakan badan khusus yang bertanggung jawab dalam upaya tanggap bencana baik prabencana – bencana – pascabencana dengan penerapan ilmu kesehatan masyarakat, pemberian informasi dan edukasi dalam hal siaga bencana di Indonesia. Badan khusus ini menjadi bagian dari respon mahasiswa kesehatan masyarakat terhadap kebencanaan yang ada di berbagai wilayah Indonesia.
Badan Khusus Pemerhati Lingkungan Hidup
Merupakan badan khusus yang berfokus pada kegiatan dalam sosialisasi, inovasi, advokasi, dan gerakan sosial yang berfokus pada isu dan permasalahan lingkungan hidup yang berimplikasi pada masalah kesehatan masyarakat Indonesia. Badan khusus ini menjadi badan yang berperan aktif dalam merespon isu lingkungan di Indonesia.